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一種體外DNA-to-Protein(D2P)的合成體系、制劑、試劑盒及制備方法

專利號
CN108642076B
公開日期
2019-05-14
申請人
康碼(上海)生物科技有限公司(上海市浦東新區(qū)芙蓉花路500弄8號樓3樓)
發(fā)明人
郭敏; 章小鈴; 王海鵬; 王靜; 徐開; 陳秋錦; 于雪
IPC分類
C12N15/81; C12N15/85; C12P21/00
技術(shù)領(lǐng)域
dna,蛋白,egfp,合成,ivdtt,體系,體外,細(xì)胞,聚合酶,phi29dna
地域: 上海市 上海市浦東新區(qū)

摘要

本發(fā)明提供了一種將DNA復(fù)制、轉(zhuǎn)錄、翻譯偶聯(lián)的無細(xì)胞蛋白質(zhì)合成的理論設(shè)計(jì)和技術(shù)體系、制劑、試劑盒及其制備方法。具體地,本發(fā)明提供的體外無細(xì)胞合成系統(tǒng)不僅可以合成復(fù)雜蛋白,更可以合成DNA,mRNA,并以此利用極少量的(納克?微克)DNA模板完成高效、高通量、極便捷的蛋白質(zhì)合成。

說明書

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一種體外DNA-to-Protein(D2P)的合成體系、制劑、試劑盒及 制備方法 技術(shù)領(lǐng)域 [0001] 本發(fā)明涉及生物技術(shù)領(lǐng)域,具體地,涉及一種體外DNA-to-Protein(D2P)的合成體系、制劑、試劑盒及制備方法。 背景技術(shù) [0002] 傳統(tǒng)的生物合成系統(tǒng)是指通過模式生物細(xì)菌、真菌、植物細(xì)胞或動(dòng)物細(xì)胞等表達(dá)外源基因的一種分子生物學(xué)技術(shù)。隨著科學(xué)技術(shù)的發(fā)展,無細(xì)胞表達(dá)體系,也稱為體外蛋白合成系統(tǒng),應(yīng)運(yùn)而生。體外蛋白合成系統(tǒng)是指以外源目的mRNA或DNA為模板,通過人工控制補(bǔ)加蛋白質(zhì)合成所需的底物和轉(zhuǎn)錄、翻譯相關(guān)蛋白因子等物質(zhì),能實(shí)現(xiàn)目的蛋白質(zhì)的合成。 體外蛋白合成系統(tǒng)表達(dá)蛋白質(zhì)無需進(jìn)行質(zhì)粒構(gòu)建、轉(zhuǎn)化、細(xì)胞培養(yǎng)、細(xì)胞收集和破碎步驟,是一種相對快速、省時(shí)、便捷的蛋白質(zhì)表達(dá)方式。 [0003] 商業(yè)上的體外合成系統(tǒng)有兩種:一種以預(yù)先體外轉(zhuǎn)錄獲得的mRNA作為模板翻譯合成蛋白質(zhì),另一種是將體外轉(zhuǎn)錄與體外翻譯同時(shí)進(jìn)行,以DNA為模板合成mRNA然后合成蛋白質(zhì)。這兩種系統(tǒng)都比較復(fù)雜且實(shí)驗(yàn)要求較高,需要使用者預(yù)先進(jìn)行體外轉(zhuǎn)錄實(shí)驗(yàn)以獲得足夠多的mRNA模板,或者需要預(yù)先提供大量的DNA或者高濃度的質(zhì)粒作為模板(模板的質(zhì)量甚至大于合成蛋白質(zhì)的質(zhì)量)。這些弊端增加了使用者的操作時(shí)間、制造成本、及實(shí)驗(yàn)復(fù)雜性,同時(shí)也大大限制了生物合成的效率和產(chǎn)量。因此,開發(fā)一種更簡單、方便、高效率、高產(chǎn)量、低成本的體外生物合成系統(tǒng)已成為基礎(chǔ)生物研究領(lǐng)域的迫切需要。 發(fā)明內(nèi)容 [0004] 本發(fā)明提供了一種同時(shí)在體外進(jìn)行DNA,RNA,蛋白質(zhì)生物合成的理論模型和設(shè)計(jì)。 [0005] 本發(fā)明提供了一種簡單、方便、高效率、高產(chǎn)量、低成本的體外合成系統(tǒng)。 [0006] 本發(fā)明提供一種以DNA模板進(jìn)行體外合成DNA,RNA,蛋白質(zhì)方法的建立。 [0007] 本發(fā)明提供一種以微量DNA模板進(jìn)行體外合成蛋白質(zhì)方法的建立及優(yōu)化,以克服現(xiàn)有技術(shù)所存在的缺陷與不足。 [0008] 本發(fā)明的第一個(gè)目的是偶聯(lián)DNA復(fù)制,轉(zhuǎn)錄及翻譯的體外合成系統(tǒng)的理論構(gòu)建;本發(fā)明的第二個(gè)目的是偶聯(lián)DNA復(fù)制,轉(zhuǎn)錄及翻譯的體外合成系統(tǒng)的建立及優(yōu)化;本發(fā)明的第三個(gè)目的是提供一種簡單可行的偶聯(lián)DNA-to-Protein(D2P)的體外生物合成制劑。本發(fā)明的第四個(gè)目的是提供一種簡單、高產(chǎn)量的體外蛋白質(zhì)合成試劑盒。 [0009] 本發(fā)明第一方面提供了一種體外的無細(xì)胞的合成體系理論的建立,所述無細(xì)胞的合成體系包括: [0010] (p1)體外外源DNA合成體系; [0011] (p2)合成的DNA-to-mRNA合成體系; [0012] (p3)合成的mRNA-to-Protein合成體系; [0013] (p4)關(guān)聯(lián)p1-p2-p3的DNA序列設(shè)計(jì),酶的設(shè)計(jì); [0014] (p5)實(shí)現(xiàn)體外無細(xì)胞DNA-to-Protein(D2P)合成的系統(tǒng)性理論和定量評估; [0015] (p6)D2P體系實(shí)現(xiàn)高效蛋白質(zhì)合成的理論模型建立。 [0016] 本發(fā)明第二方面提供了一種偶聯(lián)DNA復(fù)制,轉(zhuǎn)錄及翻譯的體外無細(xì)胞蛋白合成系統(tǒng),所述的合成體系包括: [0017] (a)DNA聚合酶; [0018] (b)解旋酶; [0019] (c)DNA結(jié)合蛋白; [0020] (d)用于合成DNA的底物; [0021] (e)RNA聚合酶; [0022] (f)用于合成RNA的底物; [0023] (g)用于合成蛋白的底物; [0024] (h)細(xì)胞提取物; [0025] 在另一優(yōu)選例中,所述無細(xì)胞的蛋白合成體系還包括選自下組的組分: [0026] (j1)鎂離子; [0027] (j2)鉀離子; [0028] (j2)緩沖劑; [0029] (j3)能量再生系統(tǒng); [0030] (j4)聚乙二醇; [0031] (j5)任選的外源蔗糖; [0032] (j6)任選的溶劑,所述溶劑為水性溶劑。 [0033] 在另一優(yōu)選例中,所述的DNA聚合酶包括:phi29DNA聚合酶、T7DNA聚合酶、Bst?DNA聚合酶、Ecoli?DNA聚合酶、DNA聚合酶I的Klenow片段等用于恒溫?cái)U(kuò)增的聚合酶及突變體,并不局限于此。 [0034] 在另一優(yōu)選例中,所述的解旋酶包括:T7噬菌體復(fù)制系統(tǒng)的解旋酶(4B)、UvrD解旋酶等。 [0035] 在另一優(yōu)選例中,所述的DNA結(jié)合蛋白包括:T4噬菌體基因32蛋白、RB49噬菌體基因32蛋白、T7噬菌體復(fù)制系統(tǒng)的單鏈結(jié)合蛋白,DNA結(jié)合蛋白7等。 [0036] 所述的合成DNA的底物包括:脫氧核苷單磷酸、脫氧核苷三磷酸、或其組合。 [0037] 所述的合成RNA的底物包括:核苷單磷酸、核苷三磷酸、或其組合。 [0038] 在另一優(yōu)選例中,所述的合成蛋白的底物包括:1-20種天然氨基酸、以及非天然氨基酸。

權(quán)利要求

1.一種將DNA復(fù)制、轉(zhuǎn)錄、翻譯偶聯(lián)的無細(xì)胞蛋白合成體系,其特征在于,所述合成體系包括:
DNA聚合體系,RNA轉(zhuǎn)錄體系及蛋白質(zhì)翻譯體系;
所述DNA聚合體系采用核酸等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)對模板DNA進(jìn)行復(fù)制,以用于所述RNA轉(zhuǎn)錄體系及蛋白質(zhì)翻譯體系合成目標(biāo)蛋白質(zhì);
所述DNA聚合體系包含:0.8μg/ml?-0.5333mg/ml的phi29?DNA聚合酶、模板DNA、dNTP;
所述RNA轉(zhuǎn)錄體系包含:RNA聚合酶、核苷三磷酸混合物;
所述蛋白質(zhì)翻譯體系包含:乳酸克魯維酵母細(xì)胞提取物、氨基酸混合物。
2.如權(quán)利要求1所述的合成體系,其特征在于,所述合成體系還包括選自下組的一種或多種組分:解旋酶、DNA結(jié)合蛋白。
3.如權(quán)利要求2所述的合成體系,其特征在于,所述合成體系還包括選自下組的一種或多種組分:鎂離子、鉀離子、緩沖劑、能量再生系統(tǒng)、聚乙二醇、二硫蘇糖醇、外源蔗糖、水性溶劑。
4.如權(quán)利要求2所述的合成體系,其特征在于,所述的解旋酶選自下組的一種或多種組分:T7噬菌體復(fù)制系統(tǒng)的解旋酶4B、UvrD解旋酶。
5.如權(quán)利要求2所述的合成體系,其特征在于,所述的DNA結(jié)合蛋白選自下組的一種或多種組分:T4噬菌體基因32蛋白、RB49噬菌體基因32蛋白、T7噬菌體復(fù)制系統(tǒng)的單鏈結(jié)合蛋白。
6.一種利用權(quán)利要求1-5任一項(xiàng)所述的合成體系合成目標(biāo)蛋白質(zhì)的方法,其特征在于,包括步驟:
(i)?提供所述的DNA聚合體系,加入目標(biāo)DNA模板分子,經(jīng)孵育后再與所述轉(zhuǎn)錄體系及所述翻譯體系結(jié)合,形成所述無細(xì)胞蛋白合成體系,孵育所述合成體系,從而合成由所述目標(biāo)DNA編碼的蛋白質(zhì);或
(ii)將所述DNA聚合體系、RNA轉(zhuǎn)錄體系、蛋白質(zhì)翻譯體系直接混合,加入外源的用于指導(dǎo)蛋白質(zhì)合成的DNA模板分子,經(jīng)孵育后合成由外源DNA直接編碼的蛋白質(zhì)。
7.如權(quán)利要求6所述的方法,其特征在于,所述DNA聚合體系包括0.8μg/ml?-0.5333mg/ml的phi29?DNA聚合酶、外源的用于指導(dǎo)蛋白質(zhì)合成的DNA模板分子、解旋酶、DNA結(jié)合蛋白、用于合成DNA的底物。
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