干旱條件下與玉米穗位高性狀相關(guān)的KASP分子標記及其應(yīng)用 技術(shù)領(lǐng)域 [0001] 本發(fā)明屬于分子遺傳學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及一種在干旱條件下與玉米穗位高性狀相關(guān)的KASP分子標記及其應(yīng)用。 背景技術(shù) [0002] 玉米（zea?mays?L.）是我國重要的糧飼作物，同時在工業(yè)和能源等其他領(lǐng)域也有著重要作用。隨著我國人口不斷增加及畜牧業(yè)與新能源等玉米相關(guān)產(chǎn)業(yè)的發(fā)展，玉米的需求量連年增長。西北、西南、華北、東北是我國玉米的主產(chǎn)區(qū)，具有水分蒸發(fā)大、流失迅速且降水不均勻的特點，近年來這些地區(qū)干旱頻發(fā)，日益嚴重。干旱脅迫是一種重要的非生物脅迫，對玉米生產(chǎn)造成不利影響。它改變了玉米植株的各個方面，例如形態(tài)和生理。干旱脅迫會影響玉米的株高和穗位高，適宜的株高和穗位高可改善玉米株型結(jié)構(gòu)，增加養(yǎng)分利用率和光合作用能力，提高玉米植株的光合作用產(chǎn)物向穗部運輸與分配的能力，從而增加玉米單株的收獲指數(shù)，最終達到高產(chǎn)穩(wěn)產(chǎn)的目的。 [0003] 全基因組關(guān)聯(lián)分析(Genome?wide?association?study，GWAS)是高效檢測不同物種復(fù)雜性狀的遺傳變異,尋找與之相關(guān)聯(lián)標記或基因的可靠方法，該方法已被用于研究由不同群體的大量遺傳變異引起的復(fù)雜性狀，有助于確定表型信息與遺傳背景之間的聯(lián)系。 通過GWAS技術(shù)開發(fā)與玉米在干旱條件下穗位高相關(guān)的KASP分子標記為玉米的精準育種提供了有效的分子工具。 發(fā)明內(nèi)容 [0004] 本發(fā)明要解決的技術(shù)問題是開發(fā)一種在干旱條件下與玉米穗位高性狀相關(guān)的KASP分子標記及其應(yīng)用，以解決上述現(xiàn)有技術(shù)存在的問題，在玉米分子遺傳學(xué)技術(shù)領(lǐng)域可用于在苗期篩選具有較高穗位高的玉米新品種。 [0005] 具體的，本發(fā)明利用全基因組關(guān)聯(lián)分析，獲得在干旱條件下與玉米穗位高性狀顯著相關(guān)SNP位點SNP_Chr10_147243591，其－LOG10(P.value)值為4.1，表型解釋率為6.1%，該位點位于玉米B73?RefGen_v4參考基因組10號染色體的147243591處，其核苷酸多態(tài)性表現(xiàn)為T/C，?位于Zm00001d026501基因（Chr10:?147240629?147249381）的內(nèi)含子上，在供試玉米材料中，該SNP位點的多態(tài)性與穗位高存在顯著關(guān)聯(lián)。 [0006] 本發(fā)明所述KASP分子標記位于玉米10號染色體第147243591個堿基處，堿基差異為T/C，堿基為C的玉米材料穗位高較高，堿基為T的玉米材料穗位高較低，以多態(tài)性表現(xiàn)C時為優(yōu)勢性狀。 [0007] 進一步的，本發(fā)明還提供一種檢測干旱條件下鑒別玉米穗位高的KASP分子標記的引物組，包括兩條特異性正向引物和一條通用反向引物；所述兩條特異性正向引物的核苷酸序列分別如SEQ?ID?NO.1和SEQ?ID?NO.2所示，所述通用反向引物的核苷酸序列如SEQ?ID?NO.3所示，具體引物序列如下： [0008] SNP_Chr10_147243591_F1（SEQ?ID?NO.1）： [0009] 5’?GAAGGTGACCAAGTTCATGCTTGCGGAATGGCACAAAAGGGCTGAT??3’，[0010] SNP_Chr10_147243591_F2（SEQ?ID?NO.2）： [0011] 5’?GAAGGTCGGAGTCAACGGATTTGCGGAATGGCACAAAAGGGCTGAC??3’，[0012] SNP_Chr10_147243591_R（SEQ?ID?NO.3）： [0013] 5’??GGCAACAACGTTTTGGTACTTCCCATCGC??3’， [0014] 其中，GAAGGTGACCAAGTTCATGCT為FAM熒光接頭序列通用標簽； GAAGGTCGGAGTCAACGGATT為HEX熒光接頭序列通用標簽。 [0015] 本發(fā)明還提供含有所述KASP分子標記檢測引物組的生物檢測產(chǎn)品，所述產(chǎn)品為檢測試劑或試劑盒。 [0016] 本發(fā)明還提供了上述在分子標記輔助育種中的應(yīng)用。 [0017] 進一步的，本發(fā)明提供了上述KASP分子標記和KASP分子標記檢測引物組的應(yīng)用，具體的，包括但不限于如下任一項應(yīng)用中： [0018] （1）鑒定干旱條件下的玉米穗位高性狀； [0019] （2）玉米分子標記輔助育種； [0020] （3）改良玉米種質(zhì)資源； [0021] （4）檢測和預(yù)測玉米穗位的高低。 [0022] 本發(fā)明還提供一種鑒定玉米穗位高的方法和玉米基因分型的方法，檢測原理是以待檢測的玉米DNA為模板，利用所述KASP引物組合，根據(jù)引物擴增后的熒光檢測結(jié)果判斷玉米的穗位高性狀和玉米的基因分型。 [0023] 具體的包括以下步驟：

1.檢測干旱條件下與玉米穗位高性狀相關(guān)的KASP分子標記的試劑在玉米穗位高性狀分子輔助育種中的應(yīng)用，其特征在于，所述KASP分子標記的SNP標記位點命名為SNP_Chr10_ 147243591，該分子標記針對玉米B73?RefGen_v4參考基因組10號染色體的147243591處開發(fā)，其核苷酸多態(tài)性表現(xiàn)為T/C，多態(tài)性為C時表現(xiàn)為優(yōu)勢性狀； 所述KASP分子標記的位點多態(tài)性為C，則玉米穗位高較高；若多態(tài)性為T，則玉米穗位高較低； 若玉米植株的基因型為CC時，則穗位高較高；若玉米植株的基因型為CT時，則穗位高中間水平；若玉米植株的基因型為TT時，則穗位高較低。 2.鑒定干旱條件下玉米穗位高性狀的KASP引物組用于如下任一項應(yīng)用中： (1)鑒定干旱條件下的玉米穗位高性狀； (2)玉米分子標記輔助育種； (3)改良玉米種質(zhì)資源； (4)檢測和預(yù)測玉米穗位的高低； 所述KASP引物組包括用于擴增權(quán)利要求1所述KASP分子標記的位點兩條特異性正向引物和一條通用的反向引物，所述兩條特異性正向引物的核苷酸序列分別如SEQ?ID?NO.1和SEQ?ID?NO.2所示，所述通用反向引物的核苷酸序列如SEQ?ID?NO.3所示。 3.一種在干旱條件下鑒定玉米穗位高性狀的方法，其特征在于，包括以下步驟： 提取待檢測玉米樣品的DNA；以所述DNA為模板，利用權(quán)利要求2所述KASP引物組，添加KASP基因分型混合液，配置KASP反應(yīng)體系后，進行PCR擴增，根據(jù)獲得的PCR擴增產(chǎn)物進行熒光檢測，判斷玉米的穗位高和基因分型，數(shù)據(jù)讀取及導(dǎo)出； 若擴增結(jié)果顯示權(quán)利要求1所述KASP分子標記的基因型為CC，則待測玉米材料穗位高較高；若基因型為CT，則待測玉米材料穗位高中間水平；若基因型為TT，則待測玉米材料穗位高較低。 4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的方法，其特征在于，所述的擴增的反應(yīng)體系包括： KASP?2X?PCR?mix?5μL，引物預(yù)混液0.5μL，模板DNA4.5μL；所述PCR擴增的程序為：95℃預(yù)變性10min；95℃變性15s，61℃退火延伸60s，循環(huán)10次，每次退火延伸溫度降低0.6℃；95℃變性15s，55℃退火延伸60s，循環(huán)30次；熒光定量PCR?37℃60s，采集熒光信號。